Первые упоминания о церкви в Пайсту относятся к 1329 году в описании набегов литовцев. Построенная, по-видимому, в конце 13-го века каменная церковь первоначально была без башни.
На площади, названной в честь эстонского военнослужащего и политика Йохана Лайдонера, в средние века располагался рынок, и это была главная площадь города.