Музей расположен в костеле св. Михаила Архангела и отдельных помещениях бывшего монастыря бернардинок, рядом с Бернардинским костелом и костелом св. Анны.
Возвышающийся напротив костелов св. Анны и св. Франциска Ассизского архитектурный ансамбль находится в очень привлекательном месте для жителей и гостей Вильнюса.