Музей создан в 1991 году в доме Марии Шлапелене и Юргиса Шлапялиса, который они приобрели в 1926 году. Настоящий дом является архитектурным памятником XVII a. В 1994 году открыта музейная экспозиция.
Название «Ужупис» означает «место за рекой». Речка Вильня – неотъемлемая часть Заречья. Ничего странного, что еще одним символом Заречья является бронзовая Русалочка, также называемая Зареченской девой.
В 1991 году была основана галерея «Vartai» — ровесница восстановления государственности Литовской Республики. В галерее экспонируются и продаются художественные произведения, осуществляется просветительская деятельность.