Город Хархорин расположен в центральной Монголии, на севере провинции Уверхангай, в долине реки Орхон. Хархорин в 2004 году в составе Культурного ландшафта долины реки Орхон внесен в список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО.
Музей был основан в 1949 году, первая его экспозиция была посвящена богатству и разнообразию растительного и животного мира аймака Дундговь. Со временем музей был значительно расширен, сейчас его коллекция насчитывает более 4500 экспонатов.
Дом принадлежал князю Мижиддоржийну Ханддоржу - государственному деятелю, дипломату и одному из руководителей Монгольской национальной революции 1911 года, положившей конец двухвековой зависимости Халхи от империи Цин.