Церковь Иоанна Предтечи в Толчкове расположена в рабочей слободе, на живописном берегу реки Которосль. Это один из знаменитейших памятников ярославской архитектуры, объект культурного наследия, памятник истории и культуры федерального значения.
Музей занимает старинный купеческий особняк с цокольным этажом, антресолями и мезонином, построенный в 1897 году. Принадлежал дом купцу-лесопромышленнику Александру Ивановичу Шишокину, в начале XX века был продан «Торговому дому» купцов Губиных.