Петропавловская церковь была построена в 1694 году в Никольской слободе, у самых стен Покровского монастыря. Церковь строилась с учетом всего ансамбля Покровского монастыря, главному собору которого к тому времени уже было почти 200 лет.
Основанный в 2010 году, музей возник благодаря обнаружению в 2002 году каменного изваяния Окуневской эпохи (II–III тысячелетие до н.э.) в реке Абакан местным жителем И.Б. Колчинаевым.