Свято-Троицкий Алатырский мужской монастырь был основан в XVI веке по повелению царя Иоанна IV и построен за счет Алатырского посада и Государевой казны. С 1615 года по 1763 год был приписан к Троице-Сергиевой лавре.
Церковь в честь иконы Божией Матери "Нечаянная Радость" расположена на территории городского кладбища. В 2002 году на месте будущего алтаря был установлен крест.
Собор Пресвятой Троицы является главным храмом Свято-Троицкого мужского монастыря. До второй половины XVIII века все храмы монастырского комплекса были деревянными. В 1753 году на месте деревянной церкви был построен каменный двухэтажный храм.
Свято-Троицкий мужской монастырь получил известность в связи с деятельностью почитаемого народом схимонаха Вассиана. Храм, примыкающий к зданию колокольни монастыря, был освящен 23 декабря 2010 года в честь преподобного Вассиана Константинопольского.
Колокольня, возвышающаяся над комплексом Свято-Троицкого мужского монастыря, является самой высокой в Чувашии. Она была построена в 2006 - 2010 годы приблизительно на том же месте, где располагалась старая колокольня, снесенная в 1936 году.