Краеведческий музей основан в 1992 году администрацией села Холмогоры и располагается в доме, построенном в 1908 году местным богачом Д.Ф. Берденниковым
Мыс Пур-Наволок — историческое место в Архангельске, где в 1584 году по указу царя Ивана Грозного была заложена крепость, ставшая основой для будущего города.
Музей основан в 1925 году. Первым директором был Н.А. Наконечный. В 1950-е музей был закрыт за отсутствием помещений. В 1960-е открыт усилиями краеведов.