Краеведческий музей основан в 1992 году администрацией села Холмогоры и располагается в доме, построенном в 1908 году местным богачом Д.Ф. Берденниковым
Верхнетоемский музей открыт 9 мая 1985 года. Музей создавался на основе Комнаты боевой и трудовой славы в здании районного Дома культуры, организаторами которой были ветераны войны и труда райцентра.