Каргопольский музей основан 27 марта 1919 года, когда каргопольский мещанин Капитон Григорьевич Колпаков передал уездному отделу образования свою коллекцию предметов старины.
Краеведческий музей основан в 1992 году администрацией села Холмогоры и располагается в доме, построенном в 1908 году местным богачом Д.Ф. Берденниковым
Яренский краеведческий музей был создан в 1905 году. В 1930 году ему передано здание Спасо-Преображенского собора, в котором музей располагается и в настоящее время.