Аэропорт Нагасаки был создан в 1975 году в качестве первого оффшорного аэропорта в мире, который построен на острове Minoshima в бухте Омура в центре префектуры Нагасаки.
Minoshima это небольшой остров в бухте Омура, здесь проживает всего 13 семей и 66 человек с площади около 900000 м2 и 7 км в ширину. Строительство аэропорта началось в 1972 году. Ушло около 3-х лет и более 180 миллиардов иен на строительство.
С материком остров соединяется 970 метровым мостом.
Воздушные услуги в аэропорту начались 1 мая 1975.
Вплоть до сегодняшнего дня аэропорт беспрерывно осуществляет международные и внутренние авиа перелеты.