Этнографический музей в Белграде был основан в 1901 году, когда Этнографический отдел был отделен от Национального музея и стал самостоятельным учреждением. Предложение о создании музея, который бы изучал народную жизнь, а также концептуальную и теоретическую основу для такого музея, было составлено историком Стояном Новаковичем, секретарем Сербского ученого общества, а впоследствии - полноправным членом Сербской королевской академии (в настоящее время сербская Академия наук и искусств). Различные этнографические предметы, в том числе керамика и металлические сосуды, украшения, амулеты, изделия из стекла и текстиля, оружие, инструменты, пасхальные яйца и другие музейные предметы были переданы Фонду Стевчи Михайлович - дом, который Михайлович завещал «сербскому народу» в его «вечную память с целью превратить его в музей Сербского королевства». Сима Троянович, доктор философии, был назначен хранителем (директором) музея, а Никола Зега впоследствии был назначен его первым куратором. Торжественное открытие первой постоянной экспозиции Этнографического музея было организовано 20 сентября 1904 года по случаю столетия Первого сербского восстания.

В первые годы своей работы деятельность Этнографического музея была сосредоточена на закупке музейных предметов и презентации Королевства Сербия за рубежом. Предметы для включения в музейные коллекции были собраны в ходе полевых исследований на тогдашней территории Сербии и соседних стран, где также жили сербы.

Во время Первой мировой войны было уничтожено большое количество музейных предметов, а также документация и библиотека. После войны были предприняты новые полевые исследования с целью восполнить пробелы в коллекциях. В этот период гостевые выставки, организованные за границей, были менее частыми. Библиотека музея была восстановлена ​​в 1920 году. Сегодня ее фонды содержат около 60 000 публикаций: 33 000 книг и около 27 000 журналов, посвященных этнологии, антропологии и смежным научным дисциплинам. Между двумя мировыми войнами были составлены Новый инвентарь и Алфавитный каталог всех музейных предметов, созданы Отдел музыкального фольклора и Отдел иллюстрации, а музейные предметы классифицированы по материалам, из которых они были изготовлены.

Во время Великой Отечественной войны музейные предметы были упакованы и вывезены из здания, в котором в то время размещался музей. После войны музей был переведен в здание Белградской фондовой биржи на Студенческой площади, 13.

В настоящее время фонды музея насчитывают около 120 тысяч единиц хранения, из них 50 тысяч - этнографические.

С момента основания до наших дней музей занимается профессиональным коллекционированием и изучением музейных предметов и этногенетических процессов, традиционной материальной культуры, социальных отношений и семейной жизни, обычаев, верований и фольклора. Он также принимал участие в изучении особенностей сербской культуры и других этнических групп, проживающих в этом регионе. Помимо сбора артефактов, с 1960-х годов в качестве постоянной деятельности музея было введено групповое исследование этнографических областей северо-востока и западной Сербии. Результаты исследований публикуются в профессиональных и академических журналах и каталогах.

Этнографический музей в Белграде организует временные и постоянные выставки. К настоящему времени организовано восемь постоянных выставок и несколько сотен временных выставок в стране и за рубежом. Восьмая постоянная выставка под названием «Народная культура сербов в XIX и XX веках» была открыта в 2001 году. С 1992 года музей регулярно организует Международный фестиваль этнографических фильмов. В музее также проводятся мастер-классы для детей и взрослых, лекции, презентации книг и концерты.