Южно-Уральский государственный природный заповедник был образован 1 июня 1979 года. Это самый крупный заповедник в Башкортостане и один из самых крупных на Урале. Заповедник расположен на территории двух субъектов Российской Федерации: Белорецкого района Башкортостана и Челябинской области. Его общая площадь составляет 252,8 тысяч гектаров, 90% из которых находятся в пределах Белорецкого района. В заповеднике выделено 3 ландшафтных района. На территории заповедника расположены самые высокие хребты - гора Ямантау, Машак, Нары, части хребтов Зигальга, Кумардак, а также более низкие хребты - Белягуш, Белятур, Юша, Еракташ, Капкалка. На верхних склонах гор берут начало реки: Большой и Малый Инзер, Юрюзань, Тюльмень, Реветь, Катав. Все они имеют высокую экологическую значимость, поскольку являются источниками чистой горной воды. В пределах заповедника распространены геологические отложения рифейского возраста от 1650 до 650 миллионов лет, несколько из них были признаны стратотипическими разрезами рифея Северной Евразии. 89% территории заповедника покрывают леса. Западнее хребта Белягуш естественные лесные насаждения представлены сосново-широколиственными лесами с широкими луговыми полянами. Восточнее хребта Юша произрастают мелколиственные, березовые леса, а также сосняки и темно-хвойные насаждения. Основную часть заповедника занимают горные темнохвойные леса и, частично, осинники. Заповедник богат болотами. Всего здесь выделено 12 болотных массивов общей площадью 128 гектаров. Самыми интересными считаются торфяные болота на склонах Машака, поскольку там обитает лесной лемминг - житель северных лесов и тундр.
Биологическое разнообразие Южно-Уральского заповедника является богатейшим на Урале. В его флоре выявлено 698 видов высших растений, 226 видов мхов, 169 видов лишайников, 177 видов почвенных водорослей, 121 вид грибов. Также в составе флоры заповедника обнаружено 20 эндемиков, 6 видов доледниковых реликтов, 51 вид реликтов ледникового периода. 8 видов сосудистых растений, выявленных на территории заповедника, занесены в Красную книги Российской Федерации, 62 - в Красную книгу Республики Башкортостан. На территории заповедника установлено обитание 260 видов позвоночных животных, в т.ч. 50 видов млекопитающих, 189 видов птиц, 5 видов пресмыкающихся, 5 видов земноводных и 20 видов рыб; а также 872 вида беспозвоночных, в т.ч. 835 видов насекомых. Из богатой фауны заповедника 18 видов животных включены в Красную книгу Российской Федерации, 23 - в Красную книгу Республики Башкортостан.
С 1995 года Южно-Уральский государственный природный заповедник входит в список особо охраняемых природных территорий Российской Федерации.