Согласно описи Спасо-Евфимиева монастыря 1660 года на его территории находилась общая усыпальница князей Пожарских и Хованских. Она была двухъярусной: внизу находились захоронения, а вверху - монастырская ризница. К концу XVII века род князей Пожарских по мужской линии иссяк и усыпальница оказалась заброшенной. В 1765 - 66 годы усыпальницу "за ветхостью" сломали, а надгробные плиты сняли и употребили на церковные строения.
В 1850-х годах, будучи в Суздале, великие князья Николай и Михаил Николаевичи Романовы пожелали посетить могилу князя Пожарского, но были поражены забвением места погребения освободителя России. Великие князья сделали пожертвования на сооружение памятника. После чего были произведены раскопки, в результате которых обнаружили усыпальницу, где в 3 ряда стояли кирпичные склепы и каменные гробницы. 24 февраля 1852 года отслужили торжественную литургию и панихиду. После этого открытые гробницы были приведены в прежний порядок. Место раскопанной усыпальницы снова засыпано землей и обнесено оградой. А над могилой был поставлен скромный столбик с надписью: "Здесь лежит князь Дмитрий Михайлович Пожарский".
19 мая 1852 года государь император Николай I объявил по всей империи добровольную подписку по сбору средств для сооружения на этом месте памятника. И сам внес свой вклад как частное лицо. В объявленном конкурсе победил проект профессора Академии художеств А. М. Горностаева, который предложил построить мавзолей-часовню из белого каррарского мрамора, украшенный искусной резьбой, бронзовыми рельефами, мозаичной иконой Спасителя и надписью на фронтоне: "Боярину князю Дмитрию Михайловичу - благодарное потомство". Часовня над усыпальницей Пожарского была торжественно открыта и освящена только 2 июня 1885 года. Внутри был поставлен массивный шкаф, в котором были размещены вещи, пожертвованные монастырю самим князем Пожарским. До 1933 года мемориал был местом паломничества и поклонения россиян, пока мавзолей не разрушили, а плиты каррарского мрамора были отправлены на строительство Дома советов. В 1955 году был установлен памятник Пожарскому работы З.И. Азгура у стен Спасо-Евфимиевского монастыря. В 1963 году усилиями Владимиро-Суздальского музея-заповедника и Владимирской реставрационной мастерской на месте разрушенного в 1933 году мавзолея князя Пожарского был установлен памятник по проекту архитектора О.Г. Гусевой. В 1974 году установили монумент работы скульптора НА. Щербакова и архитектора И.А. Гунста. В июле 2007 года Региональная общественная организация "Русское афонское общество" призвала всех, кто любит Россию, принять участие в добровольной подписке по сбору средств для воссоздания утраченной святыни. Часовня-усыпальница князя Дмитрия Михайловича Пожарского была освящена в 2009 году. Освящал часовню архиепископ Владимирский и Суздальский Евлогий. При освящении усыпальницы национального героя присутствовал президент России Д. Медведев.