Заповедник расположен на стыке террасовых равнин среднего течения Амура и предгорий Малого Хингана, на территории Архаринского района Амурской области. Заповедник был создан как звено единой сети особо охраняемых природных территорий, призванных охранять типичные ненарушенные ландшафты Приамурья. Основной целью создания Хинганского заповедника является охрана степных и лесостепных ландшафтов Южного Приамурья, а также гнездовий уссурийского и даурского журавлей. Заповедник занимает 2 участка: в междуречье Биры и в междуречье Архары и Буреи.