Основная цель организации заповедника - сохранение и изучение очень разнообразных наземных и водных природных комплексов среднетаежной Сибири с ее центральной части, ландшафтов поймы и долины Енисея, самой реки и ее притоков. Это единственный заповедник России, где на значитель-ном расстоянии (60 км) заповеданы оба берега одной из великих рек Евразии. В его подчинении находится Елогуйский федеральный комплексный заказник, расположенный в Туруханском районе Красно-ярского края. В 1990 году заказник был трансформирован в Елогуйский эколого-этнический заказник, первый в России, выполняющий одновременно природоохранные задачи и функции сохранения традиционного природопользования коренных народов Севера (главным образом кетов).