Создание заповедника обусловлено в этом районе строительством Байкало-Амурской магистрали. Территория, на которой расположен Витимский заповедник входит в состав Саяно-Байкальской горной области. Граница между двумя нагорьями проходит через территорию заповедника по р. Алылак. Нагорья формировались в результате процесса горообразования и выравнивания, что привело созданию современного рельефа – хребтов и межгорных котловин. На верховом клюквенном болоте в бассейне реки Амалык произрастают растения довольно редкие: андромеда, большое количество родственников вереска, одно из наиболее редких - кассиопея эриковидная, которая встречается по вершинам ручьев среди курумников, нагромождений валунов.