Заповедник изначально создавался для охраны южнотаежных долинных лесов и водно-болотных угодий с присущей им флорой и фауной, в особенности для охраны выхухоли, сезонных скоплений водоплавающих птиц. Присурский хвойный район - уникальный биогеоценотический комплекс. В северной части произрастают великовозрастные ельники, остальная территория занята сосной, березой, осиной.
Наряду с широко распространенными здесь встречаются редкие виды, как: щитовник австрийский, гроздовник многораздельный, представители семейства орхидных.