Заповедник расположен на территории Ненецкого АО, недалеко от города Нарьян-Мара. Пустозерск – это первый древнерусский заполярный город в низовьях реки Печоры, на берегу озера Пустое.
Пустозерск был основан недалеко от Северно-Ледовитого океана в 1499 году. В те далекие времена Печора была одной из главных артерий миграции народов с юга на север. Сделанные здесь археологические находки свидетельствуют о том, что люди жили здесь еще в первом тысячелетии до нашей эры и промышляли рыболовством и охотой.
Кстати, название озера – Пустое – идет от отсутствия в нем семги. Однако щука и судак на радость рыбакам водились и до сих пор водятся здесь в огромных количествах.
В наши дни озеро имеет другое название – Городецкое.
В 16 веке город стал форпостом России на пути освоения новых территории на Востоке. Впоследствии Пустозерск превратился в центр торговли, именно через него шли караваны с товарами в Печору, а затем и в Мангазею. Традиционными здесь были торговые ярмарки. Археологами среди других находок были обнаружены даже арабские монеты.