Заповедник создан для охраны одной из крупнейших в Европе Полисто-Ловатской системы верховых болот, совместно с заповедником "Полистовский" в Псковской области. Фактически это единая ООПТ, разделенная только административной границей. Здесь гнездятся скопа, беркут, орлан-белохвост, черный аист, европейская чернозобая гагара. В заповеднике находится одно из крупнейших в Европе мест гнездования большого кроншнепа.